Công Phượng đã ổn định cuộc sống tại Nhật Bản cùng gia đình. Vợ Công Phượng - Tô Ngọc Viên Minh - cũng đang xây dựng sự nghiệp ở Nhật Bản. Cầu thủ người Nghệ An xác định kế hoạch cá nhân dài hơi khi ký hợp đồng ba năm với Yokohama FC, bất chấp  xuống chơi tại J-League 2 từ 2024.

Trong mùa giải đầu tiên, Công Phượng chủ yếu được ra sân ở các trận đấu tập, chỉ một lần thi đấu chính thức cho Yokohama khi vào sân ở phút bù hiệp hai trận thua Nagoya Grampus 2-3 tại J-League Cup. Anh không được đăng ký bất cứ trận nào tại J-League 1 và Cup Hoàng đế.

Do không thi đấu thường xuyên tại CLB, Công Phượng không có tên trong danh sách sơ bộ 50 cầu thủ được HLV Philippe Troussier đăng ký cho Asian Cup 2023. Anh cũng đã không được nhà cầm quân người Pháp triệu tập ở hai đợt tập trung quan trọng gần nhất, vào tháng 10 và 11.

HLV người Pháp từng cảnh báo những cầu thủ Việt Nam đang thi đấu ở nước ngoài là Công Phượng và Văn Toàn, phải tìm kiếm cơ hội ra sân nhiều hơn ở cấp CLB nếu muốn lên đội tuyển quốc gia. Văn Toàn cho biết được Công Phượng khuyên tiếp tục tìm cơ hội thi đấu ở Nhật Bản, Hàn Quốc khi rời Seoul E-Land. Cuối cùng, tiền đạo sinh năm 1996 chọn về thi đấu cho CLB Nam Định, cho biết cả hai có sự khác nhau về kế hoạch tương lai và gia đình.

Yokohama đang xây dựng kế hoạch cho mùa giải mới với mục tiêu thăng hạng trở lại J-League 1. Yokohama được đánh giá thuộc nhóm mạnh J-League 2 và đủ khả năng đua tranh vào top 3 để lên hạng. Đội gia hạn hợp đồng thêm một năm với HLV Shuhei Yomoda và xác định giữ chân nhiều cầu thủ, trong đó Công Phượng vẫn nằm trong kế hoạch.

Đây là lần thứ hai Công Phượng thi đấu tại J-League 2 sau khi khoác áo Mito Hollyhock năm 2016, cũng là lần đầu xuất ngoại. Anh được ra sân năm trận với 80 phút thi đấu.

Nhân quãng nghỉ sau mùa giải, Công Phượng cùng vợ và con trai về Việt Nam thăm người thân. Anh sẽ trở lại Nhật Bản vào cuối tháng 12 để chuẩn bị mùa giải mới với Yokohama, khởi tranh vào cuối tháng 2/2024.

Công Phượng là cầu thủ Việt Nam khoác áo nhiều CLB nước ngoài nhất, gồm Mito Hollyhock và Yokohama ở Nhật Bản, Incheon United của Hàn Quốc và Sint-Truidense V.V của Bỉ. Xếp sau là Lương Xuân Trường với Incheon United và Gangwon FC (Hàn Quốc), Buriram United (Thái Lan), và Đặng Văn Lâm với HAGL Attapeu (Lào), Muangthong United (Thái Lan), Cerezo Osaka (Nhật Bản).

Dù có cơ hội, Công Phượng và Đặng Văn Lâm vẫn chưa thể giúp bóng đá Việt Nam lần đầu tiên có cầu thủ đá chính tại giải bóng đá số một Nhật Bản J-League 1.